1. Các cơ quan lãnh đạo chính trị và có quyền ra quyết định (decision-making power) bao gồm Hội nghị Bộ trưởng, Đại hội đồng WTO, Cơ quan giải quyết tranh chấp và cơ quan kiểm điểm chính sách thương mại;
2. Các cơ quan thừa hành và giám sát việc thực hiện các hiệp định thương mại đa phương, bao gồm Hội đồng GATT, Hội đồng GATS, và Hội đồng TRIPS;
3. Cuối cùng là Cơ quan thực hiện chức năng hành chính - thư ký là Tổng giám đốc và Ban thư ký WTO.
1.     Hội nghị Bộ trưởng, Đại hội đồng WTO, Cơ quan giải quyết tranh chấp và Cơ quan kiểm điểm chính sách thương mại
•  Hội nghị Bộ trưởng WTO: là cơ quan lãnh đạo chính trị cao nhất của WTO họp ít nhất 2 năm một lần, thành viên là đại diện cấp Bộ trưởng của tất cả các thành viên. Điều IV. 1 Hiệp định thành lập WTO quy định Hội nghị Bộ trưởng WTO thực hiện tất cả các chức năng của WTO và có quyền quyết định mọi hành động cần thiết để thực hiện những chức năng đó. Hội nghị Bộ trưởng WTO cũng có quyền quyết định về tất cả các vấn đề trong khuôn khổ bất kỳ một hiệp định đa phương nào của WTO.
• Đại hội đồng WTO: trong thời gian giữa các khoá họp của Hội nghị Bộ trưởng WTO, các chức năng của Hội nghị Bộ trưởng WTO do Đại hội đồng (General-Council) đảm nhiệm. Đại hội đồng WTO hoạt động trên cơ sở thường trực tại trụ sở của WTO ở Geneva, Thuỵ sỹ. Thành viên của Đại hội đồng WTO là đại diện ở cấp đại sứ của chính phủ tất cả các thành viên. Đa số các nước đang phát triển thường cử luôn Đại sứ, Trưởng đại diện bên cạnh Liên hợp quốc tại Geneva làm Đại sứ tại WTO; các nước phát triển, đặc biệt là các cường quốc thương mại hàng đầu như Mỹ, EU đều cử Đại sứ riêng về WTO tại Geneva. Các Uỷ ban báo cáo lên Đại hội đồng WTO.
Đại hội đồng có quyền thành lập các Uỷ ban giúp việc và báo cáo trực tiếp lên Đại hội đồng là : Uỷ ban về thương mại và phát triển; Uỷ ban về các hạn chế cán cân thanh toán; Uỷ ban về ngân sách, tài chính và quản trị; Uỷ ban về các hiệp định thương mại khu vực. Ba Uỷ ban đầu được thành lập theo hiệp định về thành lập WTO, Uỷ ban cuối cùng được thành lập vào tháng 2-1996 theo quyết định của Đại hội đồng WTO.
-Ngoài ra còn có hai Uỷ ban là “Uỷ ban về hàng không dân dụng” và “Uỷ ban về mua sắm chính phủ” được thành lập theo quyết định của Vòng Tôkyô và có số thành viên hạn chế (chỉ những nước ký kết các “bộ luật” có liên quan  của Vòng Tôkyô mới được tham gia), vẫn tiếp tục hoạt động trong khuôn khổ của WTO. Nhưng những Uỷ ban này không phải báo cáo (report) mà chỉ có nghĩa vụ thông báo (notify) thường xuyên về hoạt động của họ lên Đại hội đồng WTO.
• Cơ quan giải quyết tranh chấp và Cơ quan kiểm điểm chính sách thương mại: Điều IV. Hai hiệp định WTO quy định, ngoài các việc thực hiện các chức năng của Hội nghị Bộ trưởng WTO trong thời gian giữa hai khoá họp. Đại hội đồng WTO còn thực hiện những chức năng khác được trao trực tiếp theo các hiệp định thương mại đa phương, trong đó quan trọng nhất là chức năng giải quyết tranh chấp và chức năng kiểm điểm chính sách thương mại. Chính vì vậy mà Đại hội đồng WTO cũng đồng thời là “cơ quan giải quyết tranh chấp” (DSB-Dispute Settlement Body) khi thực hiện các chức năng giải quyết tranh chấp và là “cơ quan kiểm điểm chính sách thương mại” (TPRB-Trade Policy Review Body) khi thực hiện chức năng kiểm điểm chính sách thương mại.
2. Các cơ quan thừa hành giám sát việc thực hiện các hiệp định thương mại đa phương
 WTO có 3 hội đồng (Council) được thành lập để giám sát việc thực thi 3 hiệp định thương mại đa phương là: Hội đồng GATT, Hội đồng GATS và Hội đồng TRIPS. Tất cả các nước thành viên đều có quyền tham gia vào hoạt động của 3 hội đồng này. Ba hội đồng nói trên báo cáo trực tiếp các công việc của mình lên Đại hội đồng WTO.
Ngoài ra còn có các cơ quan được các Hội đồng của WTO thành lập với tư cách là cơ cấu trực thuộc (subsidiary bodies) để giúp các hội đồng này trong việc thực hiện các chức năng kỹ thuật, ví dụ như “Uỷ ban về thâm nhập thị trường”, “Uỷ ban về trợ giá nông nghiệp” và các “Nhóm công tác” (Working group) được thành lập trên cơ sở tạm thời để giải quyết những vấn đề cụ thể, ví dụ như các “Nhóm công tác về việc gia nhập WTO” của một số nước
3. Tổng giám đốc và Ban thư ký WTO
Khác với GATT 1974, WTO có một ban thư ký rất quy mô, bao gồm khoảng 500 viên chức và nhân viên thuộc biên chế chính thức của WTO. Đứng đầu ban thư ký WTO là Tổng giám đốc WTO. Tổng giám đốc WTO do Hội nghị Bộ trưởng bổ nhiệm với nhiệm kỳ 4 năm. Ngoài vai trò điều hành, Tổng giám đốc của WTO còn có một vai trò chính trị rất quan trọng trong hệ thống thương mại đa phương. Chính vì vậy mà việc lựa chọn các ứng cử viên vào chức vụ này luôn là một cuộc chạy đua ác liệt giữa các nhân vật chính trị quan trọng, cấp Bộ trưởng, Phó Thủ tướng hoặc Tổng thống (Trong số các ứng cử viên vào chức vụ Tổng giám đốc đầu tiên của WTO có ông Salinas, cựu Tổng thống Mêhicô).
Quyền hạn và trách nhiệm của Tổng giám đốc do Hội nghị Bộ trưởng quyết định. Biên chế Ban thư ký WTO do Tổng giám đốc quyết định. Tổng giám đốc và thành viên Ban thư ký WTO có quy chế tương tự như của viên chức các tổ chức quốc tế, hoạt động độc lập và chỉ tuân theo các quyết định và tôn chỉ của WTO. Họ được hưởng các quyền ưu đãi, miễn trừ tương tự như viên chức của các tổ chức chuyên môn của Liên hợp quốc. Cũng như những người tiền nhiệm trước kia trong GATT, Tổng giám đốc WTO có vai trò hết sức quan trọng, dẫn dắt các vòng đàm phán thương mại đa biên và giải quyết tranh chấp ( Ông Rugiero, Tổng giám đốc sắp mãn nhiệm của WTO đã đóng vai trò trung gian hoà giải rất tích cực và có hiệu quả trong vụ tranh chấp giữa Mỹ và EU liên quan đến việc áp dụng các đạo luật Helms-Burton và D’Amaton-Kennedy năm 1997). Vị trí đặc biệt của Tổng giám đốc WTO thể hiện một trong những nét đặc trưng trong ngoại giao đa phương ngày nay khi trên thực tế các quan chức lãnh đạo cao cấp của các tổ chức quốc tế ngày càng đóng vai trò “điều hành”  (managing) nhiều hơn là “chấp hành”  (executive).